José Alfredo Hernández Maldonado tiene un doctorado en Ingeniería Química por parte de la Universidad Autónoma Metropolitana Campus Iztapalapa (UAM-I), así como una maestría en Ingeniería química por la misma universidad (obteniendo la medalla al mérito) y es Ingeniero químico por la UAM-I (Obteniendo la medalla al mérito). Ha sido docente del Instituto Politécnico Nacional, primero en la Unidad Profesional Interdisciplinaria de Biotecnología (UPIBI) de 2009 a 2011. Actualmente forma parte de UPIIG-IPN desde el 2011 hasta la fecha. Es profesor de las carreras de Ingeniería Biotecnológica y Farmacéutica e Investigador en la misma Unidad. Ha tenido a su dirección diversos proyectos de investigación referidos al uso de materiales agroindustriales para su reúso así como síntesis de materiales para la ingeniería de tejidos (apatitas), con los cuales se han título varios alumnos.
Las áreas de interés son: síntesis de apatitas para el uso en la ingeniería de tejidos, remoción de metales pasados de efluentes usando desechos agroindustriales, extracción de aceites esenciales, microencapsulación de principios activos en perlas de alginato de sodio, biocatalisis para la síntesis de compuestos alifáticos, entre otras.
El Dr. Hernández pertenece a la red BIOCATEM (Biocatalisis para las industrias alimentaria, técnica y medica), pertenece al sistema nacional de investigadores (SNI). Ha publicado diversos artículos tanto en revistas nacionales como internacionales de prestigio, así como diversas presentaciones en Congresos y ha arbitrado artículos de la Revista Mexicana de Ingeniería química (RMIQ) y Asian Journal of Biology